Cần tháo “nút thắt” trong kiểm soát tự động kê khai thuế GTGT

Trần Văn Quân – Founder của VNLAWS – VNTAC    Ngày 12/06/2026    Email: info@vnlaws.com.vn    Zalo: 0983 639 268

Chuyển đổi số trong quản lý thuế là xu hướng tất yếu, nhất là khi ngành Thuế đang đẩy mạnh thực hiện kế hoạch hành động theo Quyết định số 1874/QĐ-BTC ngày 27/11/2020 của Bộ Tài chính về triển khai Chương trình Chuyển đổi số quốc gia đến năm 2025, định hướng đến năm 2030 theo Quyết định số 749/QĐ-TTg. Việc số hóa dữ liệu hóa đơn, tờ khai và nghĩa vụ thuế đã góp phần đơn giản hóa thủ tục hành chính, nâng cao tính minh bạch và tăng hiệu quả quản lý nhà nước.

Tinh thần cải cách này cũng phù hợp với định hướng lớn tại Nghị quyết 66-NQ/TW ngày 30/4/2025 của Bộ Chính trị về đổi mới công tác xây dựng và thi hành pháp luật, bảo đảm pháp luật được thực hiện công bằng, nghiêm minh, nhất quán, kịp thời, hiệu lực và hiệu quả. Cùng với đó, Nghị quyết 68-NQ/TW ngày 4/5/2025 xác định kinh tế tư nhân là một động lực quan trọng của nền kinh tế, cần được tạo điều kiện phát triển, đổi mới sáng tạo, thuận lợi chuyển đổi số và tham gia sâu hơn vào chuỗi giá trị toàn cầu. Bên cạnh đó, Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 cũng thể hiện rõ phương châm “lấy người nộp thuế làm trung tâm”, chuyển dần tư duy từ “quản lý” sang “phục vụ”, trên nền tảng dữ liệu, quản lý rủi ro và cải cách thủ tục hành chính.

Tuy nhiên, trong quá trình vận hành thực tế, một số “nút thắt” kỹ thuật đang phát sinh, đặc biệt liên quan đến cơ chế kiểm soát tự động tờ khai thuế giá trị gia tăng. Vấn đề nổi bật hiện nay là việc cơ quan thuế đối chiếu chỉ tiêu [24] – Thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào trên tờ khai thuế GTGT với dữ liệu hóa đơn đầu vào ghi nhận trên hệ thống hóa đơn điện tử. Khi phát sinh chênh lệch, hệ thống có thể cảnh báo hoặc không chấp nhận tờ khai của người nộp thuế.

Về nguyên tắc, đối chiếu tự động là cần thiết. Công cụ này giúp cơ quan thuế phát hiện sớm các trường hợp kê khai hóa đơn bất thường, kê khai khống hoặc sử dụng hóa đơn không hợp pháp để khấu trừ thuế. Đây cũng là bước tiến quan trọng trong quá trình chuyển từ quản lý thủ công sang quản lý rủi ro dựa trên dữ liệu.

Tuy nhiên, vấn đề đặt ra là dữ liệu đầu vào trên hệ thống chưa phải lúc nào cũng phản ánh đầy đủ toàn bộ hóa đơn, chứng từ hợp pháp mà doanh nghiệp có quyền kê khai, khấu trừ theo quy định. Nếu hệ thống kiểm soát chỉ so sánh cơ học giữa số liệu trên tờ khai và dữ liệu hóa đơn phát sinh trong cùng kỳ, nhiều trường hợp chênh lệch hợp pháp có thể bị nhận diện sai thành rủi ro.

Thực tế cho thấy, một số loại hóa đơn không cấp mã của cơ quan thuế hoặc hóa đơn do các đơn vị đặc thù phát hành chưa được đồng bộ kịp thời tại thời điểm kê khai. Các trường hợp thường gặp gồm hóa đơn phí ngân hàng, dịch vụ ngân hàng, điện, nước, viễn thông ….. do bên thứ ba phát hành có độ trễ trong quá trình truyền nhận dữ liệu. Khi đó, dữ liệu doanh nghiệp tổng hợp từ phần mềm kế toán hoặc hệ thống quản lý nội bộ có thể đầy đủ hơn dữ liệu đang hiển thị trên cổng hóa đơn điện tử.

Một trường hợp khác là thuế GTGT nộp thay nhà thầu nước ngoài. Khi doanh nghiệp nộp thuế nhà thầu và đủ điều kiện kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào, chứng từ nộp thuế thường do doanh nghiệp tự quản lý. Dữ liệu này chưa được đồng bộ đầy đủ vào bảng dữ liệu của cơ quan thuế để kiểm soát VAT đầu vào phục vụ đối chiếu tự động. Nếu hệ thống chỉ căn cứ vào hóa đơn điện tử, quyền kê khai khấu trừ hợp pháp của doanh nghiệp có thể chưa được phản ánh đúng.

Bên cạnh đó, quy định về điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn từ 5 triệu đồng trở lên cũng tạo ra tình huống nghiệp vụ cần được xử lý linh hoạt. Chẳng hạn, doanh nghiệp kê khai thuế theo quý, phát sinh mua hàng trong tháng 4/2026, thời hạn thanh toán theo hợp đồng là 30 – 45 ngày kể từ ngày giao hàng. Nếu đến thời điểm kê khai quý II/2026, quá hạn thanh toán mà chưa có chứng từ thanh toán hợp lệ, doanh nghiệp phải tạm thời chưa kê khai khấu trừ. Khi có chứng từ thanh toán ở kỳ sau, doanh nghiệp mới thực hiện kê khai vào chỉ tiêu [24], [25] của kỳ phát sinh đủ điều kiện. Đây là biến động về điều kiện khấu trừ, không nên bị hiểu đơn giản là kê khai sai kỳ hoặc sai số liệu thuộc chỉ tiêu [37,38]

Ngoài ra, doanh nghiệp có thể phát hiện hóa đơn GTGT đầu vào của kỳ trước bị bỏ sót và thực hiện kê khai bổ sung vào kỳ hiện tại. Theo nguyên tắc kê khai thuế GTGT, nếu hóa đơn đầu vào hợp pháp chưa được kê khai ở kỳ trước, doanh nghiệp có thể kê khai vào kỳ hiện tại khi đáp ứng điều kiện khấu trừ. Khi đó, chỉ tiêu [24] và [25] trên tờ khai kỳ hiện tại đương nhiên có thể lớn hơn số liệu hóa đơn đầu vào phát sinh riêng trong kỳ mà hệ thống đang đối chiếu.

Một tình huống phổ biến khác là trong cùng kỳ kê khai, doanh nghiệp vừa phát sinh mua hàng, vừa phát sinh trả hàng. Nghị định 70/2025/NĐ-CP chỉ nói đến các trường hợp xuất trả hàng mà không cụ thể là xuất hoá đơn âm (-) hay dương (+). Nhà cung cấp có thể lập hóa đơn bán hàng và hóa đơn hàng bán bị trả lại đều thể hiện số dương, không tự động bù trừ trên hệ thống dữ liệu – do vậy cần hướng dẫn rõ hơn trường hợp trả hàng toàn bộ, nếu thuộc trường hợp bên bán xuất hoá đơn; buộc phải xuất hoá đơn ghi âm (-) để tự động bù với đúng giá trị dương của hoá đơn mua hàng trước đó. Chưa kể, có trường hợp nhà cung cấp xuất nhầm hóa đơn vào mã số thuế của doanh nghiệp dù thực tế không phát sinh giao dịch. Khi doanh nghiệp rà soát và loại trừ các hóa đơn không liên quan, số liệu kê khai sẽ khác với dữ liệu đầu vào mà hệ thống cơ quan thuế ghi nhận.

Như vậy, chênh lệch giữa số liệu kê khai của doanh nghiệp và dữ liệu hóa đơn trên hệ thống không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp kê khai sai, càng không thể mặc nhiên xem là dấu hiệu gian lận thuế. Trong nhiều trường hợp, nguyên nhân xuất phát từ độ trễ dữ liệu, đặc thù chứng từ hoặc việc hệ thống chưa phản ánh đầy đủ nghiệp vụ thực tế tại thời điểm kê khai.

Ở một góc nhìn khác, sự chưa hoàn thiện của dữ liệu hóa đơn điện tử cũng làm tăng chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp. Lẽ ra, người nộp thuế có thể chủ động khai thác đầy đủ hóa đơn từ hệ thống của ngành Thuế. Tuy nhiên, do dữ liệu chưa đồng bộ, khó tải đầy đủ hoặc chưa đáp ứng yêu cầu quản trị nội bộ, nhiều doanh nghiệp phải sử dụng thêm phần mềm, công cụ hoặc dịch vụ hỗ trợ có thu phí để tổng hợp hóa đơn đầu vào.

Vì vậy, tự động hóa trong quản lý thuế là cần thiết, nhưng không nên dừng lại ở việc “máy móc hóa” phép đối chiếu số học. Một hệ thống kiểm soát rủi ro hiệu quả cần dựa trên dữ liệu đầy đủ, logic nghiệp vụ đúng và khả năng nhận diện các tình huống hợp pháp trong hoạt động kinh doanh.

Trước hết, cơ chế đối chiếu tự động cần tính đến các trường hợp hóa đơn chưa đồng bộ, hóa đơn đặc thù, chứng từ nộp thuế thay nhà thầu nước ngoài, hóa đơn kỳ trước kê khai bổ sung vào kỳ hiện tại, hóa đơn trả hàng hoặc hóa đơn bị xuất nhầm mã số thuế. Hệ thống nên phân loại cảnh báo theo mức độ rủi ro thay vì mặc định toàn bộ chênh lệch là sai lệch cần giải trình.

Thứ hai, cần xây dựng cơ chế giải trình điện tử linh hoạt, có cấu trúc và được ghi nhận tự động. Doanh nghiệp có thể lựa chọn nguyên nhân chênh lệch như “hóa đơn kỳ trước kê khai bổ sung”, “hóa đơn ngân hàng chưa đồng bộ”, “hóa đơn điện, nước, viễn thông cập nhật chậm”, “chứng từ nộp thuế nhà thầu” hoặc “hóa đơn không liên quan do nhà cung cấp xuất nhầm”. Cách làm này vừa giúp cơ quan thuế có thêm dữ liệu để phân tích rủi ro, vừa giảm gánh nặng giải trình lặp lại cho doanh nghiệp.

Thứ ba, ngành Thuế cần tiếp tục nâng cao chất lượng dữ liệu hóa đơn điện tử, đặc biệt với các nhóm nhà cung cấp có số lượng hóa đơn lớn như ngân hàng, điện lực, viễn thông, nước sạch, logistics, nền tảng trung gian thanh toán và các đơn vị cung cấp dịch vụ số. Khi dữ liệu đầu vào đầy đủ và kịp thời, kiểm soát tự động mới phát huy đúng vai trò hỗ trợ quản lý rủi ro.

Chuyển đổi số trong quản lý thuế không chỉ là thay đổi công cụ, mà còn là thay đổi phương thức quản trị tuân thủ. Nếu dữ liệu chưa đầy đủ, thuật toán đối chiếu chưa phản ánh đúng nghiệp vụ và cơ chế giải trình còn nặng tính thủ công, công cụ kiểm soát rủi ro có thể vô tình tạo thêm rủi ro hành chính và chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp.